Можно сделать так, чтобы каждый порт соответствовал одному и тому же ip-адресу после перезапуска. Просто снимите галочку "Mix Proxies".
Можно запускать MassTunneler без интерфейса — для этого выполните команду apps/11.0.0/MassTunneler.exe --silent. Это полезно, если вы хотите запускать MT автоматически: при перезапуске системы или через планировщик задач.
Можно запустить несколько экземпляров, если запускать их из разных папок.